O Departamento de Agronomia é constituído pela Chefia, pela Coordenação do Curso de Agronomia e pela Coordenação dos Cursos de Pós-graduação.
A Chefia tem o objetivo de deliberar sobre os assuntos administrativos, para assegurar as atividades acadêmicas.
A Coordenação tem como objetivos organizar a estrutura curricular do Curso de Agronomia e deliberar sobre os assuntos acadêmicos.
A Coordenação da pós-graduação é responsável por apoiar os estudantes de mestrado, doutorado e pós-doutorado com a infraestrutura necessária para o desenvolvimento de pesquisas, além de estabelecer as diretrizes para a formação de mestres e doutores em produção vegetal.